Temporada siguiente 2007/2008 ,el Sanfer desciende a preferente, fue una temporada llenas de dudas y sospechas, se llegó al último partido de liga dependiendo de sí mismo, perdiendo en casa por un contundente 0-.3 frente al Rayo Majadahonda. Al terminar la nefasta temporada era semana de elecciones con los candidatos ZURDO y LEYVA. Leyva fue elegido presidente.
Para la Temporada 2008/2009 se consigue el ascenso de nuevo a la Tercera División siendo ya presidente Leyva y quedando campeones del grupo 1º de preferente, se ganó el partido de Campeones de la preferente, que nos enfrentó al Arganda, y el Sanfer se proclamó Campeón de la preferente madrileña teniendo una de las mejores plantillas del fútbol no profesional madrileño con jugadores como, entre otros.
Portero: Marco (CD Móstoles).
Defensas: Vaqueriza (Atlético de Pinto), Herrero (CDA Navalcarnero), Carlos Alberto (CD Ciempozuelos), Simón (CD Ciempozuelos). y la vuelta de nuestro canterano Leandro.
Medios: Chiqui (CD Ciempozuelos), Ángel Álvarez (CD Móstoles).
Delanteros: Kanguro (CD Parla), Javi Moreno (CD Pozuelo), Joaquín Cerdá (Rayo Majadahonda).

En mayo 2010, el CD SAN FERNANDO celebró sus 80 años de vida, Aniversario que fomentó unos meses poco tarde con partidos que les enfrentó al Getafe C.F. y con la selección Madrileña de veteranos contra los Veteranos del C.D. San Fernando.
Temporada de la 3ª división 2014/2015, desde que el CD SAN FERNANDO está en la 3ª división madrileña fue una de las temporadas más disputadas tanto para la zona de playoff con seis equipos metidos en la pomada, como en la zona de descenso, dónde el Sanfer llegaba al último partido de liga con 41 puntos, por delante el Villanueva del Pardillo con 43 puntos y el Puerta Bonita con 44, al Sanfer sólo le valía ganar y que el Pardillo perdiera o empatara y el Puerta Bonita perdiera, sólo así el San Fernando se salvaría para seguir una temporada más en Tercera, su rival era el Unión Adarve que también luchaba por un objetivo, el meterse en los playoff de ascenso. Tras 90 minutos se lograba el objetivo, se ganaba 2-1, mientras el Villanueva del Pardillo perdía 1-3 ante el Internacional de Madrid, el Sanfer se quedaba en 3ª División.
En la temporada 2015/2016 el CD SAN FENANDO termina la liga en el puesto 5º con 60 puntos a 4 puntos de los playoff y detrás del mismo filial del Atlético de Madrid. A la siguiente
En la temporada 2016/2017 se quedó en el puesto 12º con 49 puntos.
En la temporada 2018/2019,en el mes de Agosto 2018 se disputo (Copa RFFM de Tercera División), el Sanfer la jugo entrando los 8 primeros de la clasificación de la 3ª división de Madrid, puesto que el Sanfer en la temporada 2017/2018 quedó en sexto lugar, el sorteo depararía los siguientes grupos:
En la temporada 2019/2020, en el mes de Agosto 2019 se disputo la 2ª edición Copa RFFM de Tercera División, el Sanfer la jugó entrando los 8 primero de la clasificación de la 3ª División de Madrid, ya que el Sanfer en la temporada 2018/2019 quedo 8º, el sorteo depararía los siguientes grupos:
GRUPO 1: TrivalVaderas Alcorcón - Alcobendas Sport-CD - Móstoles URJC - Atlético Pinto
GRUPO 2: Rayo Vallecano B - Leganés B - Villaverde San Andrés - C.D. San Fernando

En la temporada 2019/2020 queda suspendido el fútbol en casi todo el mundo por el mes de Marzo hasta nuevo aviso para reanudarse por motivo del COVID‑19,la tercera división Madrileña quedo suspendida en la jornada 28,con el Sanfer en el puesto 17 con 33 puntos, al cabo de las semanas ya por finales de Abril decidiendo no disputarse las ultimas jornadas de la tercera división de España y 2dvb de España, pero si se va disputar la 1dv y 2dv.
Tanto en 2dvb y 3dv decidieron no ver descensos, pero si promoción play-off de ascenso.
La Tercera madrileña 2020/2021 decide consensuadamente la división geográfica Norte-Sur en dos subgrupos para la temporada 2020-2021, y la creación de los dos subgrupos que marca la premisa de la Real Federación Española de Fútbol para la temporada 2020-2021, condicionada por la incertidumbre de la evolución de la pandemia de la Covid-19.
La fase regular del grupo" NORTE", el "Sanfer"t, ermino en el puesto 11 con 18 puntos, de 12 equipo en la liga, y jugaría, la fase por la permanencia.
La Fase por la Permanencia " DONDE EL SANFER TERMINO JUGANDO "en Tercera División, participarán los clubes clasificados del séptimo al último puesto de cada subgrupo en un total de 10 jornadas para los grupos de 21 y 22 y de 12 jornadas para los grupos de 23 y 24. Los equipos que participaron en el subgrupo A se enfrentarán, a doble vuelta, a los que participaron en el subgrupo B no pudiendo, en ningún caso, enfrentarse a los equipos que participaron en su mismo subgrupo de la Fase Regular.
La fase por la permanencia el Sanfer termino en el puesto 7 con 35 puntos y termina por descender a preferente, en una temporada jamás vista tan adulterada por varios equipos de la competición.
2021-2022 C.D. San Fernando, que encadena su segunda temporada consecutiva con descenso, y jugará en Primera Aficionados después de casi cincuenta años (su última temporada en dicha categoría fue en la 73-74).
En la temporada 2022/2023 jugando en la Primera Aficionados grupo 2, objetivo complido se consigue el Ascenso a la preferente tras quedar segundos en la clasificación con 69 puntos, Ganados 21, Empatados 6, Perdidos 7, con 78 goles a favor y 33 goles en contra. Siendo entrenador Joserra, y en el último partido toco despedir como se merece a toda una institución como Chema.
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